17-21 Sep 2018 Lyon (France)
HERCULE data management library : boosting RAMSES I/O for exascale era
Loic Strafella  1@  
1 : Institut de Recherches sur les lois Fondamentales de lÚnivers
Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DRF/IRFU/DEDIP/LILAS

Résumé:

Les sorties du code RAMSES sont aujourd'hui uniquement de type protection/reprise et sont
principalement basées sur un format binaire dédié. Chaque snapshot d'une simulation peut occuper
plusieurs téraoctets de données répartis sur plusieurs dizaines de milliers de fichiers, pénalisant la
charge du réseau et le système de fichiers se traduisant par des temps d'écriture particulièrement
important et une fragilité la scalabilité du code dans une perspective de calcul exaflopique. De plus,
bien que le format de protection/reprise permette de relancer une simulation en cas d'arrêt
impromptu, il nécessite une conversion vers une format de « dépouillement », plus léger, pour la
visualisation et l'analyse des données à l'aide d'outils spécifiques tels que PyMSES.
Les objectifs de ces travaux sont d'intégrer dans RAMSES une librairie d'entrées/sorties parallèles
développée au CEA DAM appelée HERCULE, qui permettra de générer une sortie du type
protection/reprise tout en améliorant les performances d'entrées/sorties du code ainsi que sa
scalabilité. De plus, l'implémentation d'un format plus compacte spécifique au dépouillement
directement dans RAMSES apportera un gain de productivité lors des phases de transfert sur le
réseau et accélérera la visualisation et l'analyse des résultats par PyMSES, auquel sera ajouté un
module de lecture des sorties au format HERCULE. La librairie de gestion de données et un
convertisseur de format RAMSES-legacy/HERCULE seront présentés aux utilisateurs ainsi que les
résultats de benchmarks de performances des entrées/sorties. Une introduction au nouveau format
de dépouillement HERCULE projettera l'utilisateur sur les futures fonctionnalités qu'offre
l'intégration de la librairie.


Abstract:


As of today, RAMSES code outputs are checkpoint/restart outputs only, written as binary files in a
specific format. Every simulation snapshot can be very large up to terabytes, split on dozens of
thousands of files, thus hindering the network and filesystem load resulting in large I/O times and in
a poor scalability of RAMSES code in the exascale context. Moreover, even if the checkpoint/restart
file format contains all informations required by the code in case the simulation needs to be restarted
upon failure, it needs to be post-processed to a lightweight format before any visualisation or data
analysis by dedicated tools such as PyMSES.
The two main objectives of this work are to integrate in RAMSES a parallel I/O library called
HERCULE developed at CEA DAM (Military Applications Division), thus improving RAMSES
I/O performance and scalability. Furthermore, the implementation of a lightweight output format
dedicated to post-processing within RAMSES will result in faster data transfer and improve
significantly the overall performance of visualisation and analysis dedicated tools such as PyMSES,
to which a specific reader for HERCULE format will be added. The HERCULE library and a
RAMSES-legacy/HERCULE data converter, as well as some I/O performance benchmark results
(checkpoint/restart output format comparison) will be presented to the RAMSES user community.
An introduction to the HERCULE “post-processing” output format will enlighten the RAMSES
users with the future performance and functionalities provided by the integration of this new library.


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